NGS分析手把手教学:零基础RNA-seq转录组分析实践,两套方案(2023年最新)逻辑思维能力题

作者: 小钱 2023-11-30 08:07:09
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⚠️充值付费的小伙伴可以点赞,会随机挑选幸运观众赠送全文。NGS分析手把手教学系列继WGS全基因组分析以后终于更新啦。这次是RNA-seq转录组分析。本文主要是指导操作流程,不会浪费篇幅在解释RNA-seq原理上。本章会使用人类基因组,比较组间的差异基因。其他物种的数据同样适用。所有代码都亲测可用(2023年4月),由于一些老旧版本的工具以及网络协议已经没法使用,所以也会有最新版本工具安装教学内容。除了需要修改路径和文件名,读者基本只需要复制黏贴就可以复现所有操作。这次主要介绍的管道工具是运用在很多生信服务器上的国际标准STAR,以及另外一款很常用并且配置不高的笔记本也能快速运行的kallisto。各位可以根据自己的实际情况进行操作。主要工具fasterq-dump,lftp,R,STAR,kallisto,awk,RSEM目录获取RNA-seq数据-转换1.1创建工作文件夹1.2获取SRA数据清单1.3下载数据1.3.1安装sratoolkit使用fasterq-dump1.3.2数据下载准备参考序列2.1下载序列2.2下载注释数据2.2.1STAR方案2.2.2kallisto方案比对和定量3.1STAR-RSEM-DESeq2方案3.1.1STAR的安装3.1.2Index3.1.3比对3.1.4RSEM定量3.1.5DESeq2统计分析(LRT&WaldTest)和可视化3.2kallisto-sleuth方案3.2.1安装kallisto3.2.2Index3.2.3比对与定量3.2.4sleuth统计分析(LRT&WaldTest)和可视化1.获取RNA-seq数据-转换1.1创建工作文件夹